Stereomikroskoopit haaraantuvat muista valomikroskooppeista "3D" -esineiden katseluun. Näihin kuuluu merkittäviä näytteitä, kuten hyönteisiä, höyneitä, lehtiä, kiviä, hiekkajyviä, jalokiviä, kolikoita ja postimerkkejä jne. Toiminnallisesti stereomikroskooppi on kuin voimakas suurennuslasi. Toisin kuin yhdistelmämikroskoopi, joka tarjoaa tasaisen kuvan, stereomikroskoopit antavat katsojalle kolmiulotteisen kuvan, jonka voit nähdä suuremman näytteen tekstuurin.